Azərbaycan torpaqlarında “Böyük Ermənistan” dövləti yaratmaq istəyən erməni millətçilərinin 1918-ci ildə bütün ölkə hüdudlarında həyata keçirdikləri cinayətkar əməlləri arasında öz miqyasına, qurbanların sayına və vurduğu maddi-mənəvi ziyanın ölçüsünə görə Şamaxı soyqırımı ayrıca yer tutur. Şamaxı qəzasında bədnam S. Lalayanın və T. Əmirovun rəhbərlik etdikləri erməni daşnakları azğınlaşaraq müsəlman əhaliyə misli görünməmiş divan tutmuşlar. Erməni və molokan əsgərləri müsəlmanların evlərinə soxulur, qorxu içində olan insanlardan silah gücünə bütün qiymətli əşyalarını, pullarını alır, sonra ailələri bütünlüklə qətlə yetirmişlər. Eləcə də S.Lalayanın əmri ilə erməni əsgərləri şəhərin 12 məhəllə məscidlərinə, həmçinin VIII əsrə aid olan Cümə Məscidinə sığınan şəhər sakinlərini diri-diri yandırmışlar. Zorakılıq və talanlar 4 gün, Gəncədən Şamaxı müsəlmanlarının köməyinə gələn azərbaycanlı qoşunları şəhərə daxil olana qədər davam etmişdir.
Ümumilikdə isə, Şamaxıda iki dəfə törədilmiş azərbaycanlıların soyqırımı zamanı şəhərin 21.127 nəfər müsəlman əhalisindən 8-10 min arasında insan qətlə yetirilmiş, qalan əhali isə Azərbaycanın müxtəlif şəhər və qəzalarına qaçqın halında dağılmışdır. Yaşayış məhəllələri və məscidlərlə yanaşı, şəhərdə bütün ictimai bina¬lar, bazarlar, yüzlərlə dükan, anbar, dəyirman və digər mülki obyektlər yandırılaraq tamamilə məhv edilmişdir. Şamaxıda baş verən soyqırımı 1918-ci ilin iyul ayının ortalarında Türk-Azərbaycan qoşunları tərəfindən azad olunana qədər davam etmişdir. Həmin dövr ərzində ümumilikdə Şamaxı qəzasının 106 kəndi yandırılaraq dağıdılmış, 110 kəndin sakinləri isə erməni-molokan quldur dəstələrinin hücumlarından zərər çəkmişlər. Hücumlar zamanı və əsirlikdə öldürülənlərin – ümumi sayı 4359 nəfəri qadın və uşaq olmaqla, 10.341 nəfər təşkil etmişdir. Bir neçə ay ərzində dağlarda, meşələrdə, düzənliklərdə dolaşan, həmçinin digər qəzaların şəhər və kəndlərinə dağılışmış qaçqınlar arasında soyuqdan, aclıqdan və xəstəliklərdən ölənlərin sayı isə on minlərlə ölçülmüşdür. Şamaxı qəzasının müsəlman kəndlərinin sakinlərinə vurulan maddi ziyanın ümumi həcmi 607.167.420 rubl təşkil etmişdir.
Şamaxı soyqırımını Azərbaycanın digər bölgələrindəki soyqırımlarından fərqləndirən cəhət qəzanın molokan-rus əhalisinin də bu hadisələrdə ermənilərlə birgə fəal iştirakı olmuşdur.
Şamaxı soyqırımına dair Komissiyanın sənədləri ümumilikdə, 22 cild istintaq materialı və 63 fotoşəkil təşkil etmişdir. Bu sənədlər 1918-ci il Şamaxı faciəsinin tam mənzərəsinin miqyasını bilməyə imkan verir.
