Heydər Əliyev Fondu tariximizə müstəqil dövlət qurucusu kimi daxil olmuş Ulu öndər Heydər Əliyevin xatirəsinə xalqımızın ehtiramını ifadə etmək arzusundan, onun zəngin mənəvi irsini əks etdirmək, azərbaycançılıq fəlsəfəsinin ölkəmiz üçün əhəmiyyətini vurğulamaq, milli dövlətçilik ideyalarını yeni nəsillərə aşılamaq zərurətindən irəli gələrək yaradılmışdır.
2004-cü ildən fəaliyyətə başlamış Heydər Əliyev Fondu təhsil, səhiyyə, mədəniyyət, idman, elm və texnologiya, ekologiya, sosial və digər sahələrdə müxtəlif layihələr həyata keçirərək yeni cəmiyyət quruculuğunda fəal iştirak edir, ölkənin sosial-iqtisadi inkişafına öz töhfəsini verir.
Fondun prezidenti Azərbaycan Respublikasının birinci xanımı, UNESCO və ISESCO-nun xoşməramlı səfiri Mehriban Əliyevanın təşəbbüsü ilə ölkədə bir çox əhəmiyyətli layihələr həyata keçirilmişdir. Bu layihələrdən biri də Qubada tikilib istifadəyə verilmiş Soyqırımı Memorial Kompleksidir.
30 dekabr 2009-cu ildə Azərbaycan Respublikası Prezidenti İlham Əliyev erməni millətçilərinin Azərbaycana qarşı ərazi iddialarını və təcavüz siyasətini, qanlı cinayətlərini dünya ictimaiyyətinə çatdırmaq, gələcək nəsillərin milli yaddaşını qorumaq və soyqırım qurbanlarının xatirəsini əbədiləşdirmək məqsədi ilə Quba şəhərində “Soyqırımı Memorial Kompleksi” nin yaradılması haqqında sərəncam imzalamişdır. Heydər Əliyev fondunun təşəbbüsü ilə tikilən kompleks 2013-cü il sentyabrın 18-də istifadəyə verilmişdir. Açılış zamanı Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev və Heydər Əliyev Fondunun Prezidenti Mehriban xanım Əliyeva da Kompleksdə iştirak etmişlər.
